PicoPLEX DNA-seq Kit試劑盒參數(shù)

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Rubicon Genomics? ? ? ?R300381? ? ? ? PicoPLEX DNA-seq Kit? ? ? ?48Rxns

Illumina單細胞起始高再現(xiàn)性測序文庫構建

PicoPLEX? DNA-seq Kit

· 高再現(xiàn)性：拷貝數(shù)變異（CNV）及染色體異倍性檢測重復性高

· 完整的文庫構建試劑：包含所有文庫構建所需試劑

· 簡便的工作流程：從單細胞到測序可用文庫僅需三步

· 快速：3小時內(nèi)完成Illumina NGS文庫構建

· 低污染、低錯誤發(fā)生率：單管內(nèi)完成文庫構建，無需轉(zhuǎn)移

產(chǎn)品說明：

PicoPLEX? 技術過去常結(jié)合基因芯片技術用于檢測單細胞層面基因拷貝數(shù)變異，現(xiàn)在可以在單管中構建Illumina NGS分析的文庫。PicoPLEX? WGA在全球被IVF行業(yè)供應商信賴并用于胚胎植入前遺傳學篩查和診斷（PGS/PGD）。

PicoPLEX? DNA-Seq Kit簡化了文庫制備的過程；整個制備過程可在單管或單孔中完成，降低了錯誤和樣品污染的概率，加速了實驗進程，并且削減了實驗成本。PicoPLEX? DNA-Seq Kit具有48次反應規(guī)格，具備完整的48個單獨細胞或DNA（6 pg至60 pg）起始的NGS文庫構建試劑，包括dual Barcodes。單微孔板中含有Barcoding Oligonucleotides。

圖1. PicoPLEX 技術概要

PicoPLEX DNA-seq基于Rubicon Genomics的PicoPLEX技術，用于單細胞基因組DNA（gDNA）擴增，該技術使用多重循環(huán)的隨機引物進行可重復文庫構建。 PicoPLEX DNA-seq Kit遵循PicoPLEX WGA Kit的相同三步工作流程，包括細胞裂解，預擴增和zui終擴增。首先，特制配方裂解細胞并打斷DNA。接著，專門設計的隨機引物通過對產(chǎn)物進行zui小限度的擴增來選擇性地預擴增DNA，以產(chǎn)生高度可重現(xiàn)的文庫。zui后，用包含Illumina雙重條形碼的引物進行PCR擴增得到測序就緒文庫。

圖2. PicoPLEX DNA-seq測序工作流程。用于Illumina NGS平臺測序文庫構建的主要步驟，其中PCR板可用單管代替。

圖3. 染色體異倍性分析的重復性。經(jīng)流式細胞儀分選出11個不同步的H929細胞，使用本試劑盒制備文庫后，經(jīng)MiSeq測序，將獲得的35個base single-end reads比對到人類基因組，對總計250,000 reads進行分析，各細胞得到的結(jié)果相同，顯示了很高的重現(xiàn)性。

圖4. NGS與Array分析的比較驗證。使用同一胚胎單細胞庫分別進行Array和NGS分析，確認本制品和24 sure array（Illumina）兩者的等效性。NGS的結(jié)果與Array的結(jié)果一致。測序結(jié)果顯示：2p檢測到末端丟失（圖示），12q檢測到末端增加（數(shù)據(jù)未展示），經(jīng)高分辨率的FISH分析確認，是與親代DNA漏檢的易位相關。

*數(shù)據(jù)來源于Genetics & IVF Institute.

圖5. 無需進行文庫定量。采用流式細胞儀分選的不同步的H929細胞，使用本試劑盒進行文庫構建后，Miseq平臺進行測序。由于本產(chǎn)品高重復性的特點，在文庫pooling前無需進行定量。注: 圖中空白的條帶表示該位置處細胞缺失。

產(chǎn)品組成

· Cell Extraction Buffer（Green）?細胞提取緩沖液

· Extraction Enzyme Dilution Buffer（Violet）細胞提取緩沖液

· Cell Extraction Enzyme（Yellow）細胞提取酶

· Pre-Amp Buffer（Red）細胞提取酶

· Pre-Amp Enzyme（White）預擴增酶

· Amplification Buffer（Orange）擴增緩沖液

· Amplification Enzyme（Blue）擴增酶

· Nuclease-Free Water（Clear）無核酸酶水

· Dual Index Plate雙端index 微孔板

· Quick Protocol雙端index 微孔板

樣本

上樣量：該試劑盒每次反應可容納5μL加樣量（細胞和緩沖液zui高2.5μL）。如果細胞在1x PBS中，則不要超過2.5μL的PBS。

適用樣本：1-10個哺乳動物細胞（例如卵裂球，極體，滋養(yǎng)層細胞，羊膜細胞，CTC，培養(yǎng)細胞）；分離的DNA（6 pg – 60 pg人類DNA）；超過50 pg加樣量是可能的，但需要在步驟6和10處優(yōu)化；分選的染色體。

樣本采集兼容方法：流式分選（不要固定），稀釋和顯微操作與PicoPLEX DNA-seq兼容。

細胞洗滌：建議在PBS（不含鈣，鎂和BSA）中洗滌并限制洗滌緩沖液低于2.5μL。

反應時間

PicoPLEX DNA-seq試劑盒可在<3小時內(nèi)裂解細胞并準備好含indexes的NGS適用文庫。

運輸和存儲：PicoPLEX DNA-seq試劑盒（目錄號R300381）在干冰上運輸。試劑盒應在抵達后保存在-20°C。

質(zhì)量控制：PicoPLEX DNA-seq Kit使用新一代測序（NGS）對應規(guī)格進行測試，以確保產(chǎn)品質(zhì)量和一致性。

安全信息：遵循標準的實驗室安全程序并穿戴合適的實驗服，防護眼鏡和一次性手套，以確保人身安全并減少樣品制備和后續(xù)擴增反應過程中潛在的交叉污染。更多信息請參閱相應MSDS。

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